Свежие записи

Познакомившись с материалом

Познакомившись с материалом

Познакомившись с материалом, изложенным в книге, читатель наверняка нашел для себя много нового и интересного, получил представление о предмете и задачах экологии микроорганизмов. Авторы не раз указывали, что экология микроорганизмов является сравнительно молодой, бурно развивающейся отраслью общей мик­робиологии, с одной стороны, и общей экологии, с другой.

Ранние работы микробиологов-экологов, среди которых пер­выми следует назвать Л. Пастера, С. Н. Виноградского и М. Бейе — ринка, показали вездесущность микроорганизмов (знаменитое выс­казывание Бейеринка: «Из любой пробы садовой почвы можно выделить любые микроорганизмы» цитировали не раз!), их роль в глобальных циклах азота, который был бы не замкнут без двух важнейших его частей, обеспеченных работой микробов, — азот- фиксации и денитрификации, а также серы, разработали методы элективных накопительных культур.

Развитие экологии микроорганизмов целиком зависит от со­вершенствования применяемых Читать далее

Биоремедиация загрязненных почв и грунтов

Интенсивный рост промышленности и городов в последние 50—100 лет привели к необратимому загрязнению почв и грун­тов на значительных территориях. Загрязненные места должны быть рано или поздно подвергнуты очистке — ремедиации (ле­чению). Это крайне сложная задача, так как почвы и грунты ге — терогенны и геологическая структура загрязненных территорий разнообразна. Растворимые или частично растворимые продукты могут транспортироваться на значительные расстояния в гори­зонтальном направлении; некоторые легкие малорастворимые соединения, попав в грунтовые воды, могут плавать на поверх­ности и выноситься в верхние горизонты; тяжелые компоненты, такие, как смолистые фракции нефти, могут оседать на дно и транспортироваться очень медленно. Таким образом, загрязне­ния могут накапливаться в разных участках, что требует специ­фических подходов к разработке методов ремедиации загрязнен­ных территорий. В настоящее время существует два основных под­хода к очистке загрязненных почв и грунтов Читать далее

Обнаружение отдельных генов и геномных последовательностей

С обнаружением отдельных генов или специфических геномных пос­ледовательностей связаны прежде всего возможности анализа мик­робных сообществ без выделения и идентификации отдельных его членов в чистых культурах. Методы основаны на экстракции из почвенных, осадочных или водных образцов тотальной ДНК, ее очистки и анализа с помощью градиентных гель-электрофорети- ческих TGGE/DGGE-методов (подробнее см. гл. 6). Основная труд­ность при экстракции тотальной ДНК связана с ее отделением и очисткой от гуминовых веществ почвы, хотя методы, позволяю­щие проводить такую очистку, постоянно совершенствуются.

После экстракции ДНК подвергают иммобилизации на нитро — целлюлозном или нейлоновом фильтре, плавят и затем гибриди — зуют с известными последовательностями генов, ответственными за синтез тех или иных специфических ферментов. Так, наличие в пробе тотальной ДНК генов, гибридизуемых с геном, кодирую­щим нитрогеназу, говорит о присутствии в анализируемом Читать далее

Измерение химических активностей

Для понимания структуры и функционирования экосистем знаний о взаимоотношениях микробных сообществ недостаточно: необходимы также количественные данные о числе микробов того или иного сообщества, биомассы популяций, скоростей биоло­гических активностей, деления клеток и их отмирания, а также скоростей оборота возникающих циклов материи через экосисте­му. Количество, биомасса и активность — это вполне определен­ные экологические параметры, которые, хотя и коррелируют меж­ду собой, не должны рассматриваться как взаимозаменяемые. Обыч­но природа решаемой экологической проблемы сама диктует, какой из этих параметров следует измерять. Технические трудно­сти заставляют исследователя измерять число клеток и из него высчитывать более «относительный» параметр — биомассу. После сделанных подсчетов необходимо с критичностью отнестись к по­лученным результатам, рассуждая о приемлемости выводов при всех условиях эксперимента. Методы, используемые при таких из­мерениях, лежат Читать далее

Указанные обстоятельства

Указанные обстоятельства позволили создать многочисленные филогенетические олигомерные (состоящие из нескольких десят­ков нуклеотидов) зонды, комплементарные участкам последова­тельности различной степени вариабельности и соответственно специфичные на разных таксономических уровнях — от отдельно­го вида до всего микромира (пан-зонды). Зонды успешно приме­няются для поиска соответствующих им организмов или групп организмов в составе различных природных сообществ и тем са­мым — анализа состава этих сообществ.

Аналогично филогенетическим зондам для анализа различных физиологических групп микроорганизмов могут применяться функ­циональные зонды.
В таких молекулярно-экологических исследова­ниях в качестве зондов используются гены, кодирующие ключе­вые ферменты различных процессов метаболизма (см. 6.3). Исполь­зование этого типа зондов имеет ряд ограничений:

•       более низкая чувствительность гибридизационного анализа по сравнению с филогенетическими зондами вследствие значи­тельно меньшего количества соответствующих ДНК-мишеней (функциональных генов) в исследуемых образцах, Читать далее

Биогидрометаллургические технологии переработки руд и концентратов

Биогидрометаллургические технологии переработки руд и концентратов

Кучное и подземное выщелачивание меди. Бактериально-хи — мическое выщелачивание цветных металлов проводят из отвалов бедной руды (кучное) и из рудного тела в месте залегания (под­земное). Более распространено кучное выщелачивание меди. Тех­нологические схемы приведены на рис. 4.6 и 4.7. Организация са­мих объектов в общем-то сложная, и мы не будем здесь останав­ливаться на этом чисто техническом вопросе. Она рассмотрена в специальной литературе.

Орошение дробленой руды в отвале или в рудном теле осуще­ствляется водными растворами H2S04, содержащими Fe3+, 02 и бактерии. При нормальной и пониженной температуре процессы окисления сульфидных минералов при pH 1,0 —2,0 катализируют хемолитотрофные бактерии A.ferrooxidans,
A.thiooxidans, L.ferrooxidansи F. acidiphilum. В зонах Читать далее

При переносе электронов на ЦПМ

При переносе электронов на ЦПМ возникает трансмембран­ный электрохимический градиент ионов водорода (АЦн+)> кото­рый состоит из электрического (Д\i) и химического компонентов (градиент концентраций Н+ — ЛрН). Этот электрохимический по­тенциал обеспечивает синтез АТФ. Со второй половиной реакции окисления Fe2+ (2ё + 2Н+ + ‘/202 -» Н20) связан также механизм регуляции внутриклеточного pH, равного 6,5. Точная роль и рас­положение каждого компонента в электронтранспортной цепи, как отмечает Д. Роулингс, еще требует уточнений, и тут можно ожидать сюрпризов.

Очень мало известно относительно электронтранспортной си­стемы грамотрицательных
L. ferrooxidans. Первичные реакции ак­цептирования Fe2+, вероятно, идентичны A. ferrooxidans, а элект — ротранспортная система отличается. У лептоспирилл Читать далее

Микробно-растительные взаимодействия в ризосфере и ризоплане

Микробно-растительные взаимодействия в ризосфере и ризоплане

Прорастающее и развивающееся из семени в почве растение сталкивается с различными микроскопическими биологически­ми объектами: микроскопическими животными, простейшими, грибами, бактериями и вирусами. Будущее растение контактирует с этими объектами как формирующейся корневой системой, так и будущей надпочвенной частью — стеблем, пока проростком. Корень контактирует с неспецифическими для него микроорга­низмами, т.е. такими, контакт с которыми не приводит к его ин­фицированию, и со специфическими, инфицирующими корень микроорганизмами. Среди инфицирующих имеются непатогенные и типичные патогены. К непатогенным относятся, например, клу­беньковые бактерии, а из грибов — микоризные, эндо — и эктоми- коризные. Однако имеется и другая точка зрения, когда взаимо­действие с растениями упомянутых бактерий и грибов Читать далее

Обработка сложных проб

Обработка сложных проб

Обработка сложных проб, приготовленных из собранных ин­дивидуальных проб с использованием специальных смесителей, позволяет минимизировать ошибку. Уровень достоверности при экстраполяции данных соответствуюших проб на всю эконишу необходимо подкреплять статистическим анализом. Важно по­мнить, что каждое измерение состоит из трех фаз: 1) сбор образцов; 2) подготовка проб; 3) собственно измерение. При интерпрета­ции результатов должны быть критически рассмотрены все три стадии пробообработки.

Различнее подходы применяют при отборе проб из таких слож­ных и разнообразных местообитаний, как кишечник животных, поверхностный слой почвы, воды озер, глубоководные осадки морей. Невозможность вплотную приблизиться к месту отбора проб заставляет придумывать различного рода пробоотборники для ди­станционного забора проб.

Методы отбора проб и их хранение не должны изменять количе­ства клеток или их активности в большую или меньшую стороны. Исследователю Читать далее

Среди токсинов

Среди токсинов

Среди токсинов, вызывающих болезни человека, обнаружены самые сильнодействующие — семь серотипов ботулинистических, а также столбнячные. Для большинства белковых токсинов харак­терна мультидоменная структура. Наличие доменов, независимо свертывающихся в разных частях молекул токсинов, свидетель­ствует о происхождении последних путем объединения генов раз­личных глобулярных белков. Сейчас известно, что гены, кодиру­ющие факторы патогенности бактерий и системы их секреции, в большинстве кластированы на участках хромосомной ДНК — «ос­тровах патогенности». Многие токсины нарушают целостность или функционирование клеточной мембраны ферментативным путем или путем образования в ней пор. Известна также группа токси­нов-суперантигенов, нарушающих нормальную работу иммунной системы. Множество других токсинов бактерий модифицирует раз­личными путями ключевые элементы клеточного метаболизма. Механизмы действия белковых токсинов, Читать далее