Познакомившись с материалом
Познакомившись с материалом, изложенным в книге, читатель наверняка нашел для себя много нового и интересного, получил представление о предмете и задачах экологии микроорганизмов. Авторы не раз указывали, что экология микроорганизмов является сравнительно молодой, бурно развивающейся отраслью общей микробиологии, с одной стороны, и общей экологии, с другой.
Ранние работы микробиологов-экологов, среди которых первыми следует назвать Л. Пастера, С. Н. Виноградского и М. Бейе — ринка, показали вездесущность микроорганизмов (знаменитое высказывание Бейеринка: «Из любой пробы садовой почвы можно выделить любые микроорганизмы» цитировали не раз!), их роль в глобальных циклах азота, который был бы не замкнут без двух важнейших его частей, обеспеченных работой микробов, — азот- фиксации и денитрификации, а также серы, разработали методы элективных накопительных культур.
Развитие экологии микроорганизмов целиком зависит от совершенствования применяемых Читать далее
Биоремедиация загрязненных почв и грунтов
Интенсивный рост промышленности и городов в последние 50—100 лет привели к необратимому загрязнению почв и грунтов на значительных территориях. Загрязненные места должны быть рано или поздно подвергнуты очистке — ремедиации (лечению). Это крайне сложная задача, так как почвы и грунты ге — терогенны и геологическая структура загрязненных территорий разнообразна. Растворимые или частично растворимые продукты могут транспортироваться на значительные расстояния в горизонтальном направлении; некоторые легкие малорастворимые соединения, попав в грунтовые воды, могут плавать на поверхности и выноситься в верхние горизонты; тяжелые компоненты, такие, как смолистые фракции нефти, могут оседать на дно и транспортироваться очень медленно. Таким образом, загрязнения могут накапливаться в разных участках, что требует специфических подходов к разработке методов ремедиации загрязненных территорий. В настоящее время существует два основных подхода к очистке загрязненных почв и грунтов Читать далее
Обнаружение отдельных генов и геномных последовательностей
С обнаружением отдельных генов или специфических геномных последовательностей связаны прежде всего возможности анализа микробных сообществ без выделения и идентификации отдельных его членов в чистых культурах. Методы основаны на экстракции из почвенных, осадочных или водных образцов тотальной ДНК, ее очистки и анализа с помощью градиентных гель-электрофорети- ческих TGGE/DGGE-методов (подробнее см. гл. 6). Основная трудность при экстракции тотальной ДНК связана с ее отделением и очисткой от гуминовых веществ почвы, хотя методы, позволяющие проводить такую очистку, постоянно совершенствуются.
После экстракции ДНК подвергают иммобилизации на нитро — целлюлозном или нейлоновом фильтре, плавят и затем гибриди — зуют с известными последовательностями генов, ответственными за синтез тех или иных специфических ферментов. Так, наличие в пробе тотальной ДНК генов, гибридизуемых с геном, кодирующим нитрогеназу, говорит о присутствии в анализируемом Читать далее
Измерение химических активностей
Для понимания структуры и функционирования экосистем знаний о взаимоотношениях микробных сообществ недостаточно: необходимы также количественные данные о числе микробов того или иного сообщества, биомассы популяций, скоростей биологических активностей, деления клеток и их отмирания, а также скоростей оборота возникающих циклов материи через экосистему. Количество, биомасса и активность — это вполне определенные экологические параметры, которые, хотя и коррелируют между собой, не должны рассматриваться как взаимозаменяемые. Обычно природа решаемой экологической проблемы сама диктует, какой из этих параметров следует измерять. Технические трудности заставляют исследователя измерять число клеток и из него высчитывать более «относительный» параметр — биомассу. После сделанных подсчетов необходимо с критичностью отнестись к полученным результатам, рассуждая о приемлемости выводов при всех условиях эксперимента. Методы, используемые при таких измерениях, лежат Читать далее
Указанные обстоятельства
Указанные обстоятельства позволили создать многочисленные филогенетические олигомерные (состоящие из нескольких десятков нуклеотидов) зонды, комплементарные участкам последовательности различной степени вариабельности и соответственно специфичные на разных таксономических уровнях — от отдельного вида до всего микромира (пан-зонды). Зонды успешно применяются для поиска соответствующих им организмов или групп организмов в составе различных природных сообществ и тем самым — анализа состава этих сообществ.
Аналогично филогенетическим зондам для анализа различных физиологических групп микроорганизмов могут применяться функциональные зонды.
В таких молекулярно-экологических исследованиях в качестве зондов используются гены, кодирующие ключевые ферменты различных процессов метаболизма (см. 6.3). Использование этого типа зондов имеет ряд ограничений:
• более низкая чувствительность гибридизационного анализа по сравнению с филогенетическими зондами вследствие значительно меньшего количества соответствующих ДНК-мишеней (функциональных генов) в исследуемых образцах, Читать далее
Биогидрометаллургические технологии переработки руд и концентратов
Кучное и подземное выщелачивание меди. Бактериально-хи — мическое выщелачивание цветных металлов проводят из отвалов бедной руды (кучное) и из рудного тела в месте залегания (подземное). Более распространено кучное выщелачивание меди. Технологические схемы приведены на рис. 4.6 и 4.7. Организация самих объектов в общем-то сложная, и мы не будем здесь останавливаться на этом чисто техническом вопросе. Она рассмотрена в специальной литературе.
Орошение дробленой руды в отвале или в рудном теле осуществляется водными растворами H2S04, содержащими Fe3+, 02 и бактерии. При нормальной и пониженной температуре процессы окисления сульфидных минералов при pH 1,0 —2,0 катализируют хемолитотрофные бактерии A.ferrooxidans,
A.thiooxidans, L.ferrooxidansи F. acidiphilum. В зонах Читать далее
При переносе электронов на ЦПМ
При переносе электронов на ЦПМ возникает трансмембранный электрохимический градиент ионов водорода (АЦн+)> который состоит из электрического (Д\i) и химического компонентов (градиент концентраций Н+ — ЛрН). Этот электрохимический потенциал обеспечивает синтез АТФ. Со второй половиной реакции окисления Fe2+ (2ё + 2Н+ + ‘/202 -» Н20) связан также механизм регуляции внутриклеточного pH, равного 6,5. Точная роль и расположение каждого компонента в электронтранспортной цепи, как отмечает Д. Роулингс, еще требует уточнений, и тут можно ожидать сюрпризов.
Очень мало известно относительно электронтранспортной системы грамотрицательных
L. ferrooxidans. Первичные реакции акцептирования Fe2+, вероятно, идентичны A. ferrooxidans, а элект — ротранспортная система отличается. У лептоспирилл Читать далее
Микробно-растительные взаимодействия в ризосфере и ризоплане
Прорастающее и развивающееся из семени в почве растение сталкивается с различными микроскопическими биологическими объектами: микроскопическими животными, простейшими, грибами, бактериями и вирусами. Будущее растение контактирует с этими объектами как формирующейся корневой системой, так и будущей надпочвенной частью — стеблем, пока проростком. Корень контактирует с неспецифическими для него микроорганизмами, т.е. такими, контакт с которыми не приводит к его инфицированию, и со специфическими, инфицирующими корень микроорганизмами. Среди инфицирующих имеются непатогенные и типичные патогены. К непатогенным относятся, например, клубеньковые бактерии, а из грибов — микоризные, эндо — и эктоми- коризные. Однако имеется и другая точка зрения, когда взаимодействие с растениями упомянутых бактерий и грибов Читать далее
Обработка сложных проб
Обработка сложных проб, приготовленных из собранных индивидуальных проб с использованием специальных смесителей, позволяет минимизировать ошибку. Уровень достоверности при экстраполяции данных соответствуюших проб на всю эконишу необходимо подкреплять статистическим анализом. Важно помнить, что каждое измерение состоит из трех фаз: 1) сбор образцов; 2) подготовка проб; 3) собственно измерение. При интерпретации результатов должны быть критически рассмотрены все три стадии пробообработки.
Различнее подходы применяют при отборе проб из таких сложных и разнообразных местообитаний, как кишечник животных, поверхностный слой почвы, воды озер, глубоководные осадки морей. Невозможность вплотную приблизиться к месту отбора проб заставляет придумывать различного рода пробоотборники для дистанционного забора проб.
Методы отбора проб и их хранение не должны изменять количества клеток или их активности в большую или меньшую стороны. Исследователю Читать далее
Среди токсинов
Среди токсинов, вызывающих болезни человека, обнаружены самые сильнодействующие — семь серотипов ботулинистических, а также столбнячные. Для большинства белковых токсинов характерна мультидоменная структура. Наличие доменов, независимо свертывающихся в разных частях молекул токсинов, свидетельствует о происхождении последних путем объединения генов различных глобулярных белков. Сейчас известно, что гены, кодирующие факторы патогенности бактерий и системы их секреции, в большинстве кластированы на участках хромосомной ДНК — «островах патогенности». Многие токсины нарушают целостность или функционирование клеточной мембраны ферментативным путем или путем образования в ней пор. Известна также группа токсинов-суперантигенов, нарушающих нормальную работу иммунной системы. Множество других токсинов бактерий модифицирует различными путями ключевые элементы клеточного метаболизма. Механизмы действия белковых токсинов, Читать далее